Estes animais possuem uma alimentação generalizada alimentando-se de moluscos, crustáceos, insetos, peixes, aves, morcegos e até mesmo ungulados e outros répteis.Contudo, o tamanho influencia e por isso jacarés maiores tendem a pegar presas maiores. Seu alimento principal são certos moluscos gastrópodes disseminadores de algumas moléstias nas populações ribeirinhas. Desta forma, nos ambientes onde o jacaré foi eliminado, cresce a incidência de barriga de água entre a população e o gado que reside próximo aos rios.
Em um experimento realizado em um laboratório da UNESP, em São Paulo, jacarés-de-papo-amarelo foram vistos se alimentando de frutos de banana-de-macaco (Philodendron bipinnatifidum). Entretanto, o estudo não foi conclusivo se o comportamento foi induzido pela presença de teiús Tupinambis merianae - que são onívoros, se ingeriram acidentalmente os frutos tentando capturar insetos atraídos por eles ou se esses animais realmente alimentam-se de frutos esporadicamente na natureza.